Το ΠΜΣ «Χειρουργική Ογκολογία» υποβάλλεται σε περιοδική εξωτερική αξιολόγηση από Επιτροπή Εξωτερικών Αξιολογητών που ορίζεται από την ΕΘΑΑΕ, με σκοπό την ακαδημαϊκή πιστοποίησή του. Η διαδικασία βασίζεται σε προκαθορισμένα, διεθνώς αποδεκτά ποιοτικά και ποσοτικά κριτήρια, εναρμονισμένα με τις Αρχές και Κατευθυντήριες Οδηγίες για τη Διασφάλιση Ποιότητας στον Ευρωπαϊκό Χώρο Ανώτατης Εκπαίδευσης.
Τα αποτελέσματα και οι συστάσεις της Επιτροπής αξιοποιούνται συστηματικά από την ΟΜΕΑ και τη ΜΟ.ΔΙ.Π. ΕΚΠΑ για τη συνεχή βελτίωση του Προγράμματος, ενώ η πορεία υλοποίησης τους παρακολουθείται μέσω ειδικής Έκθεσης Παρακολούθησης που υποβάλλεται στην ΕΘΑΑΕ.