Στο Δ΄ εξάμηνο του Προγράμματος προβλέπεται η εκπόνηση διπλωματικής εργασίας. Το θέμα της διπλωματικής εργασίας, επιλέγεται κατόπιν αίτησης του/της μεταπτυχιακού/κής φοιτητή/φοιτήτριας στον ορισθέντα ως επιβλέποντα καθηγητή του/της και εν συνεχεία εγκρίνεται από τη Γενική Συνέλευση της Ιατρικής Σχολής. Η διπλωματική εργασία ισούται με 20 ECTS.

Η διπλωματική εργασία μπορεί να είναι είτε  κλινική είτε  ερευνητική εργασία, ή ακόμη ανασκόπηση βιβλιογραφίας. Δεν απαιτείται η δημοσίευσή της -αν και αυτό προσμετράται θετικά στην αξιολόγησή της.

Το αντικείμενο της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας πρέπει να είναι πρωτότυπο και να συσχετίζεται με τα γνωστικά αντικείμενα του ΠΜΣ. Η γλώσσα συγγραφής της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας μπορεί να είναι η ελληνική ή η αγγλική.

Οδηγίες συγγραφής, (αριθμός λέξεων, παραπομπές, κλπ.) δίδονται εγκαίρως στους μεταπτυχιακούς φοιτητές.

Η διπλωματική εργασία υποστηρίζεται  ενώπιον επιτροπής  αξιολογείται και βαθμολογείται με κλίμακα 0-10.

Οι διπλωματικές εργασίες εφόσον εγκριθούν και βαθμολογηθούν,  κατατίθενται υποχρεωτικά στο  Ψηφιακό Αποθετήριο "ΠΕΡΓΑΜΟΣ".